La storia di Psyvariar 3 ha luogo molti anni dopo gli eventi di Psyvariar 2. Dopo la caduta di ETA, una fazione di Psyvariar decise che la Terra era troppo preziosa per essere abbandonata. Giurarono di riconquistarla e colonizzarla ancora una volta, e il GUIS rinacque dalle ceneri per riprendere la sua missione originale. Sono passati decenni. La colonia terrestre prospera.

Poi... un segnale. Alieno. Sconosciuto. Nell'esatto istante in cui vengono rilevate particelle Gluon, il terrore si propaga come un incendio. Il cielo si tinge di un nero spaventosamente familiare: la Terra è nuovamente sotto assedio. È giunto il momento che una nuova generazione di Psyvariar insorga... e salvi l'umanità!

• Sette personaggi giocabili, ciascuno con proiettili, meccaniche Buzz e bomba e sistemi di punteggio unici
• Partecipazione straordinaria: Cotton, della serie Cotton, è completamente giocabile, con una navicella e abilità tutte sue
• Il sistema Buzz è stato rifinito: l'abilità nello schivare i proiettili è premiata con incrementi al punteggio e scudi a catena
• Il caratteristico avvitamento è stato adattato ai controller moderni per agevolezza e fluidità, mantenendo però la meccanica di muovere avanti e indietro l'input come in sala giochi
• Sistema Neutrino e Scudi, che fornisce scudi, incrementi di velocità e armi potenziate man mano che si spara e si utilizza il Buzz
• Varianti strategiche delle bombe, con tipologie a corto e lungo raggio dagli effetti che variano in base al personaggio utilizzato
• Varie modalità di gioco: Arcade, Pianifica, Missione (49 sfide veloci), Carovana, Infinita e Pratica
• Selezione dinamica della difficoltà: in base alle prestazioni, si possono sbloccare tratte più difficili e boss esclusivi
• Sette aree ben distinte e boss con schemi di attacco diversificati in base alla difficoltà
• Intensità perfetta in stile arcade: l'azione frenetica e irta di pericoli che ha reso nota la serie premierà i giocatori più audaci
• Grafica 3D in stile neo-retrò ispirata ai primi Psyvariar